L'Archivio nasce come naturale trasformazione dell’Archivio provinciale di Terra d'Otranto, istituito nel 1812, ma effettivamente funzionante solo dopo un ventennio. Questo periodo di inattività determinò la dispersione di gran parte della documentazione riguardante la contea di Lecce, il principato di Taranto, nonchè gli atti prodotti da magistrature dei secoli XV-XVIII.
Nel 1963 venne disposta la definitiva attuale intitolazione, nel quadro di una più completa e razionale riorganizzazione della materia e degli istituti archivistici dello Stato.
Per quanto riguarda il materiale cartografico e documentale, sono stati indagati i seguenti fondi e compilate le seguenti schede catalografiche digitalizzate:
- COMUNI IN TERRA D'OTRANTO
29 piante e mappe di possedimenti compresi nei territori di Taranto (21) e Lecce (8) - Consiglio di Intendenza di Terra d'Otranto
63 documenti cartografici relativi a processi di contenzioso amministrativo - Gran Corte della Vicaria (di Napoi)
1 pianta icnografica di demani nel territorio di Martina redatta dai due agrimensori Michele Ciracì (architetto agrimensore) e Francesco Paolo Trinchera - Intendenza di Terra d'Otranto
244 atti relativi a controversie su terreni di demanio, 18 fra piante topografiche, prospetti, schizzi dell’amministrazione comunale, 14 piante relative ad opere pubbliche provinciali - OPERE PIE
42 piante riferibili alla platea con i possedimenti dell’Opera Pia dei Poveri Infermi di Lecce (1749-1805) - Platee, stati di beni demaniali
77 cartografie e documenti relativi a platee e stati giuridici di terreni demaniali - Prefettura di Lecce
39 progetti relativi alla costruzione di diramazioni dell’Acquedotto Pugliese risalenti al 1929 e 9 progetti relativi a contratti governativi per opere di bonifica (1900-1901) - Prefettura di Terra d’Otranto
97 documenti cartografici di ambito demaniale - Provincia di Terra d’Otranto
12 planimetrie - Tribunale Civile di Terra d’Otranto
330 planimetrie e piante relative a perizie giudiziarie - Tribunale di I istanza di Terra d'Otranto
6 documenti cartografici relativi a perizie, redatti da Carlo Fasano come regio architetto agrimensore. - Ufficio del Genio Civile di Lecce
32 documenti (progetti, disegni, piante, ecc…) dei quali 16 in ambito marittimo, 11 relativi alle opere di bonifica, 5 relativi ai porti di Brindisi e Taranto