Nella sua impostazione di ricerca il progetto ha fatto sue le preziose indicazioni di studio e di lavoro contenute nella relazione Magnaghi per la presentazione del PPTR della Puglia (luglio 2009), nella quale si chiariva che l’obiettivo prioritario del piano fosse la valorizzazione del patrimonio identitario dei paesaggi della regione, intesi nella loro complessità, varietà, identità, tipicità, ovvero, secondo la Convenzione Europea, come mondi di vita delle popolazioni.
Tra gli obiettivi strategici, Magnaghi si soffermava sul tema della valorizzazione dei paesaggi e delle figure territoriali di lunga durata (obiettivo strategico 3), chiarendo che la filosofia del piano è fortemente ispirata all’individuazione delle identità storiche del territorio, costruite "nell’azione umana di lunga durata, esito evolutivo di dinamiche relazionali nelle quali le dimensioni dello spazio e del tempo sono indissolubilmente legate", per una visione che valorizzi il senso patrimoniale del paesaggio storico, elevandolo a bene comune, individuando attraverso le invarianti le regole della sua riproduzione e valorizzazione.
A tale scopo gli elementi da rappresentare sarebbero stati la struttura oroidrografica, la struttura insediativa gerarchizzata, le grandi partizioni del paesaggio naturale e agrario, le principali strutture di organizzazione del territorio, evidenziando per ogni periodo le figure territoriali di riferimento.
La descrizione del mutamento o della permanenza delle figure, lette assieme alle regole insediative (modalità di relazione fra rilievo/infrastruttura/insediamenti; relazione con il sistema ambientale; modalità d’uso delle risorse) avrebbe dato spessore temporale all’individuazione delle 'invarianti strutturali', e avrebbe consentito di definire in forma complessa gli ambiti di paesaggio, come previsto dal Codice dei beni culturali e paesaggistici.
Lo stesso Magnaghi ricordava che gli spazi pugliesi, nella relazione tra elementi geolitologici, idrologici e climatici e forme di umanizzazione sviluppatesi storicamente, presentano complessivamente caratteri dominanti di orizzontalità e semplicità d’insieme: blocchi territoriali e paesaggistici vasti, resi omogenei al loro interno da una specializzazione produttiva tipicamente mediterranea, e giustapposti in forme drammatiche, anche sul piano visivo e percettivo, disomogenee e funzionali in grado minimo.
Sulla base di queste osservazioni erano stati definiti gli ambiti di paesaggio regionali, a iniziare dalla Puglia classica, al cui interno sono ricompresi i sottoambiti del Tavoliere, della Murgia Alta e Ionica, della Piantata olivicola nord barese, della Conca di Bari, della Piantata olivicola sud barese, della Piana brindisina, della Piana di Lecce, dell’Arco ionico di Taranto alla quale si contrappongono, con le loro caratteristiche peculiari, gli ambiti del Gargano, del Subappennino Dauno, dell’insediamento sparso della Valle d’Itria e del Salento (a sua volta differenziato in Tavoliere salentino e Salento delle Serre).
Secondo Magnaghi l’obiettivo strategico 5 avrebbe riguardato il tema della valorizzazione del patrimonio identitario culturale-insediativo, facendo tesoro delle indicazioni sia della Carta dei Beni Culturali, che proponeva una interpretazione sistemica dei beni culturali, relazionata al territorio nella sua struttura storica, definita dai processi di territorializzazione di lunga durata e ai caratteri identitari delle figure territoriali che lo compongono, e dove l’inserimento della classificazione e perimetrazione delle città storiche come beni culturali consente una integrazione territoriale completa del concetto di fruizione dei beni culturali, sia del Progetto del sistema dei beni patrimoniali, che prevedeva il censimento, la catalogazione, la georeferenziazione e la rappresentazione dei beni culturali, ambientali e paesaggistici per disporre su ogni punto del territorio pugliese di un quadro certo di tutti i vincoli che vi insistono, della loro natura, fonti, tipologia e cogenza normativa.
Non ultimo l’obiettivo 6, che Magnaghi sosteneva avrebbe dovuto affrontare il delicato tema della riqualificazione della campagna del "ristretto", oggi paesaggio degradato delle urbanizzazioni contemporanee, nella riproposizione di un paesaggio agricolo ricco di relazioni con la città come in passato, come il luogo delle nuove porte dove segnare l’incontro tra la città e la campagna.