L’Archivio fu istituito nel 1818 con la denominazione di Archivio provinciale di Capitanata ed ebbe come archivio supplementare quello di Lucera, nel quale erano conservati i documenti delle magistrature giudiziarie, che per la provincia di Capitanata avevano sede a Lucera, mentre gli organi amministrativi avevano sede a Foggia.
L'Archivio di Stato di Foggia è articolato in quattro sedi: la principale, dove si trovano la direzione e gli uffici amministrativi, è quella di Palazzo Filiasi. Nella sede di Palazzo Dogana, invece, sono conservati complessivamente 99 fondi archivistici: oltre all'importante documentazione della Dogana delle pecore di Foggia e del Tavoliere di Puglia particolare valore rivestono il fondo Diplomatico, costituito da 314 pergamene, dal 1076 a tutto il XVII secolo, e il fondo della Reintegra dei tratturi che contiene le scritture relative alle operazioni effettuate dagli agrimensori per liberare i percorsi armentizi da occupazioni e dissodamenti. La documentazione comprende numerose mappe tratturali, riunite in 98 atlanti, quasi tutti di grande formato, e copre un arco temporale che va dal 1809 al 1884.
L'altra sede sussidiaria dell'Archivio si trova in Viale Francia, dove, fra i 101 fondi archivistici, sono conservati gli atti di numerosi uffici statali tra cui il Tribunale di Foggia, con i registri di stato civile del circondario dall'anno 1866 all'anno 1899.
La Sezione di Archivio di Stato di Lucera conserva 74 fondi archivistici con documenti prevalentemente di tipo giudiziario. Tipiche della città di Lucera sono le carte del Terraggio lucerino (1556-1807) dove sono registrate le operazioni (dette graduazioni) che periodicamente il preside della Provincia o alcuni deputati cittadini effettuavano nel ripartire per la coltivazione, secondo un sistema gerarchico, il territorio lucerino.
Per quanto riguarda il materiale cartografico e documentale, sono stati indagati i seguenti fondi e compilate le seguenti schede catalografiche digitalizzate:
ARCHIVIO DI FOGGIA
- Catasti antichi e provvisori
709 documenti relativi alla formazione del catasto provvisorio, con datazione degli atti dal 1807 al 1824 - Consiglio di Intendenza di Capitanata
4 piante topografiche redatte per perizie, 3 del Palazzo Farina a Foggia e 1 dell’intera città capoluogo. - Consiglio di Intendenza di Capitanata
53 documenti cartografici provenienti dagli atti della prima (3) e della seconda (50) camera dei processi. - Dogana delle pecore di Foggia
806 documenti cartografici, la gran parte costituita da carte patrimoniali, oltre a 153 unità documentali di riferimento - Intendenza, Governo e Prefettura di Capitanata
66 documenti cartografici (oltre agli atti di una causa fra il Comune di Cerignola e privati), relativi ad affari demaniali, ecclesiastici, comunali, nel territorio della provincia storica di Capitanata - Piante topografiche
1883 piante topografiche e 27 unità documentali ad opera di periti agrimensori e periti agrari, riferibili alla prima metà del XIX secolo - Progetti di lavori
61 documenti cartografici e 2 documenti relativi a progettazioni del territorio della provincia storica di Capitanata - Reintegra dei tratturi, comprende anche Direzione del servizio di custodia e degli affitti dei tratturi di Foggia 1878-1914
43 documenti degli inizi dell’800 relativi agli atti di reintegro di alcuni tratturi di Puglia - Tavoliere di Puglia
18 piante riferibili quasi totalmente alla prima metà dell’800.
SEZIONE DI LUCERA
- Archivio Notarile
13 piante per la maggior parte appartenenti alla "Platea de terreni del signor duca don Antonio Fiorella…) (1795) - Catasto di Lucera
107 documenti cartografici relativi alla "Distribuzione generale dei terraggi eseguita sulla base delle istruzioni dei reggenti Gaeta e Falletti", 1 pianta di catasto e 1 perizia - Gran corte criminale di Capitanata
26 piante topografiche e 1 sezione, tratti da processi penali - Terraggio Lucerino
107 cartografie del terraggio ad opera dell’agrimensore Saverio Giordano Metrascia, datate 1766 - Tribunale Civile e Penale di Lucera
56 unità cartografiche relative a processi verbali ed atti istruttori. - Tribunale civile di Capitanata
221 piante relative a perizie ed espropriazioni